نائين يکي از شهرهاي استان اصفهان در مرکز ايران است. اين شهر مرکز شهرستان نائين محسوب مي‏شود. اين شهر در منطقه دشت کوير قرار گرفته‌است و آب و هوايي خشک و کويري دارد.
نائين شهري کوچک و قديمي است که در گذشته وسيع و آباد بوده است. قدمت آن را مي‏توان از بناي بزرگ و کهن نارين قلعه يا نارنج قلعه دريافت. مسجد جامع نائين از لحاظ قدمت دومين مسجد پابرجا در ايران است.
تاريخ بناي اوليه شهر نائين به دوران قبل از اسلام باز مي‌گردد. صحت اين مدعا را علاوه بر نوشته‌هاي مورخين و جغرافيا نويسان قديم، گويش محلي خاص مردم نائين تقويت مي‌کند. اين گويش هنوز نيز متداول و مرسوم است. مولف کتاب مسالک و ممالک فارس را ايالت قديمي ايران و محل تشکيلات دولت هخامنشي ذکر مي‌کند که دوره ساسانيان و پس از اسلام به پنج ولايت يا استان تقسيم مي‌شده‌است. که هر قسمت «کوره» ناميده مي‌شد. در دوره‌هاي ساساني و پس از استقرار اسلام، شهر نائين جزء يکي از اين کوره‌ها به شمار مي‌آمد. بيشتر پژوهشگراني که درباره نائين بررسي و تحقيق کرده‌اند به آبادي و آباداني آن در ادوار قبل از اسلام اشاره کرده‌اند. اما در مقدمه کتاب تذکره سخنوران نائين شهر نائين شهرکي کاروان انداز معرفي شده که قافله‌ها براي استراحت و فراهم ساختن زاد سفر در آن بار مي‌انداخته‌اند. ساربانان نيز شتران خود را در نائين هنارگيري مي‌کرده‌اند. به هرحال، با مراجعه به منابع مختلف مي‌بينيم نائين در قبل از اسلام مرکز اداري و خدماتي بخشي از ناحيه يزد بود.

بااستقرار اسلام، در بيشتر شهر‌هاي ايران و ورود اين آيين به نائين، شهر نائين موقعيت خود را همچون گذشته حفظ کرد. يکي از نويسندگاني که در قرن چهارم هجري کتاب خود را تأليف کرده‌است نائين را شهري آباد و پرجمعيت ذکر مي‌کند.
در قرن پنجم هجري، شهر نائين مانند ديگر شهرهاي نزديک به اصفهان مورد توجه قرار گرفت. در نيمه اول اين قرن ناصر خسرو، در سفر مشهورش از نائين عبور کرد و به اين شهر اشاره نمود. در سفرنامه ناصر خسرو درباره اوضاع اجتماعي نائين مطلب تازه‌اي ارائه نشده‌است، همانگونه که ياقوت حموي نيز تنها به نقل قولي از اصطخري اکتفا کرده‌است.
در دوران مغول، با روي کار آمدن ايلخانان و حکومت غازان و سلطان محمد اولجايتو که پس از درآمدن به دين اسلام به لقب «خدا بنده» ملقب شد در نائين نيز تحولاتي به وقوع پيوست. در دوران حکومت اين دو ايلخان که با وزارت خواجه رشيدالدين فضل‌الله همداني مقارن است اصلاحات اساسي در اکثر شهرهاي ايران به وجود آمد. در اين دوران آثار مهم و با ارزشي مانند مسجد بابا عبدالله، عمارت امامزاده سلطان سيدعلي و مناره مسجد جامع در نائين ساخته شد.
در نيمه اول قرن هشتم هجري، ملک اشرف پس از شکست از شيخ ابواسحاق اينجو در شيراز و فرار به يزد، بيشتر آبادي‌ها و شهرهاي يزد را خراب کرد و به نائين رسيد. در جنگي که در سال 744 هجري در نائين بين او و امير مبارزالدين از امراي آل مظفر به وقوع پيوست ملک اشرف شکست خورد. اين جنگ باعث خرابي نائين شد و خلقي عظيم کشته شدند.
در اواخر قرن هشتم هجري، در روزگاري که اميرتيمور خود را براي حمله به شهرهاي مرکزي ايران آماده مي‌کرد بارديگر نائين گرفتار درگيري شاه منصور و شاه يحيي مظفري شد. در سال793 بين اين دو برادر جنگي درگرفت که بيشتر روستاها و قصبات بين اصفهان و يزد و کرمان تخريب شدند. نائين نيز آسيب فراوان ديد.
در قرن نهم نيز جنگ و کشتارهائي بين خاندان‌هاي آق قويونلو و قراقريونلو بوقوع پيوست. نائين بر سر راه شهرهاي مهم، مورد نزاع واقع شده بود بنابراين در اين درگيري نيز از آسيب و تخريب‌ها در امان نماند. اما در همين سالها، دولت شاه سمرقندي در تذکره‌اي که به نام خود اوست و در سال892 هجري تاليف کرده نائين را «قصبه‌اي خوش آب و هوا» معرفي مي‌کند که «بعضي محصولات آن بي نظير است».
در اوائل قرن دهم، بار ديگر جنگي عظيم بين سران اق قويونلو به وقوع پيوست. محل اين نبرد نيز حوالي نائين بود. به نوشته کتاب احسن التواريخ اين جنگ باعث شد تا محمد ميرزا آق قويونلو بر فارس استيلا يابد.
در دوران حکومت ترکمانان اق قويونلو ونيزيان از نائين عبور کردند اما گزارش سفر آنها نکته مهمي از اوضاع نائين را به دست نمي‌دهد.
در دوران حکمراني ايلخانان نائين از اصلاحات و تحولي که در بسياري از شهرهاي ايران آغاز شده بود بي بهر ه نماند. رونق اقتصادي دوره مغول نائين را که در کنار شاهراه خليج فارس و ري و سلطانيه قرار گرفته بود به صورت شهري پر جمعيت و آباد درآورد. در اين زمان، و بخصوص در عصر حکومت غازان و سلطان محمد اولجايتو و وزارت خواجه رشيدالدين فضل‌الله در نائين آثار با ارزشي ساخته شد. برخي از اين آثار در عداد بناهاي کم نظير به شمار مي‌روند و نمايانگر پيشرفت معماري اسلامي ايراني آن عصر مي‌باشند. اين رونق و پيشرفت نسبي علاوه بر آن که باعث احداث مساجد و بناهاي متعددي گرديد اقوام و خانواده‌هاي مختلفي را نيز از ديگر شهرهاي ايران به نائين سرازير کرد. از جمله اين اقوام، عده‌اي از اميرزادگان و امراء مغول بودند که به همراه خانواده‌ها و اقوام و ملازمين خود به نائين آمدند و در اين شهر و روستاها و قصبات اطراف آن ساکن شدند.
در اوايل قرن دهم ه. ق سران آق قويونلو در حوالي نائين با يکديگر به ستيز برخاستند که از رهگذر اين جدال‌ها، شهر پريشان شد و ويراني بسيار ديد. در دوره صوفيان نائين رونق يافت. در اين دوره، باروي شهر مرمت شد و بناهاي جديدي در آن احداث گشت. در سال 1000ه.ق هنگامي که اصفهان به پايتختي ايران برگزيده شد نائين که در زماني تابع يزد بود، در محدوده اداري اصفهان جاي گرفت. از وقايع مهم دوران صفويه در نائين دعواي نعتي و حيدري بود که اين اختلاف‌ها در عصر مشروطيت هم ادامه يافت. با سقوط اصفهان به دست افغان‌ها (در سال 135 ه.ق) شهر نائين که بر سر را ه سربازان مهاجم قرارداشت، بسيار آسيب ديد ولي بر اثر مقاومت مردم نائين، شهر به دست افغان‌ها نيافتاد، در اين زمان گروهي از سادات طباطبايي ساکن اصفهان و زواره به نائين کوچ نمود.
در دوره قاجار نائين مورد بي‌مهري پادشاهان وقت قرار گرفت. در اين دوره نائين سخت آشفته و ناامن گشت زيرا در اين زمان نائين يا صحنه جنگ شيخي‌ها و «بالاسري»‌ها و يا ميدان نزاع‌هاي حيدري و نعتي بود که در دوره صوفيان در تمام شهرهاي ايران آغاز گشته و دامن زده مي‌شد و همچنين محل تاخت و تاز ياغياني همچون نايب حسين کاشي بود.
در سال 1327 شمسي نائين رسماً شهرستان اعلام شد و بخشداري آن به فرمانداري تبديل گشت. از نائين مردان بزرگ و نامداري برخاسته که هر يک در علوم و فنون مختلف جايگاهي بس بلند يافته‌اند و از اين رهگذر نائين بخصوص در تاريخ يکصد ساله اخير ايران نقش بسيار زيادي داشته‌است. از اين رو همواره براي اين منطقه منزلتي بيش از يک شهرستان معمولي قائل بوده‌اند.
از نائين مردان بزرگ و نامداري برخاسته که هريک در علوم و فنون مختلف جايگاهي بس بلند يافته‌اند و از اين رهگذر نائين بخصوص در تاريخ يکصد ساله اخير ايران نقش بسيار زيادي داشته‌است. از اين رو همواره براي اين منطقه منزلتي بيش از يک شهرستان معمولي قائل بوده‌اند چنانچه بر اثر خاندان پيرنيا حتي در قانون اساسي پس از مشروطه اين شهر ر ا از شرط حد نساب نفوس براي بر خوداري نماينده‌اي مستقل در مجلس شوراي ملي معاف کرده بودند. يکي از فرزندان بزرگ اين سرزمين دکتر حسين فاطمي است که در نهضت ملي شدن نفت تا آخرين نفس پايمردي کرد و به دکتر مصدق وفادار ماند و جان و سر را در راه آزاديخواهي فدا کرد.