قمصر را در مباحث اقليمي مي توان اينگونه بر شمرد :
ميزان بارش قمصر ضمن اختلاف فاحش با بارندگي منطقه کاشان، حتي نسبت به ساير ايستگاه هاي کوهستاني ، از ميانگين بالايي برخوردار است.
در مجموع به لحاظ اقليمي ، در درون بافت باغ شهر ، زير سايه درختان و کنار جوي هاي آب روان حتي شرايط مطلوب تري وجود دارد و در اثر رطوبت بالاي نسبي هوا ، زمستانهاي سرد ولي با سرمائي آرام و ملايم و تابستانهاي معتدل ، شرايط آب و هوائي مطلوب و دلپذيري را در حاشيه کوير براي منطقه به ارمغان آورده که ممتازترين ويژگي اين شهر محسوب مي گردد، زيرا در تمام عرصه هاي تاريخي ، اقتصادي ، اجتماعي و فرهنگي به عنوان عنصري مثبت در توسعه شهر مطرح بوده است.
براساس تقسيمات ساختمان زمين شناسي ايران ، محدوده زمين ساختي قمصر روي کمربند آتشفشاني – رسوبي ، يعني قسمت غربي زون (zone ) ايران مرکزي واقع شده است. که در برخي از نوشته هاي جغرافيايي به عنوان رشته کوه هاي مرکزي ايران توصيف مي شود. ويژگي اصلي اين ارتفاعات حاکميت سنگ ها ي آتشفشاني – رسوبي " دوره سنوزوئيک " به ويژه " ائوسن " است که بر روي سنگ هاي چين خورده قديمي تر قرار گرفته ، و تعداد زيادي توده هاي نفوذي بزرگ و کوچک در دوران سوم اين کوه ها را قطع کرده است.
وضعيت توپوگرافيک (ناهمواري ها)
در جنوب و جنوب غربي قمصر، مجموعه ارتفاعا ت3000 متري است که درنهايي ترين ارتفاعات آن – با حداقل 10 کيلومتر فاصله از شهر -  ارتفاعات گرگش درکنار جوره با ارتفاع 3588 متر، است ، که به عنوان مرتفع ترين نقطه ارتفاعي منطقه کاشان معرفي مي شود. مجموعه عظيم اين توده هاي گرانيتي چون سدي ارتباط جنوب قمصر را با نواحي پيرامون کامو- جوشقا ن و امکان ايجاد راه عبوري را از قمصر سلب کرده است . البته نبايد فراموش کرد که در آب و هوا ي منطقه تأثيرات مثبت زيادي داشته است.
در قسمت غرب شهر قمصر نيز مجموعه کوه هاي اسبي (3120 متر)، در شرق ميدان و کوه سم با ارتفاع 2570 متر ، در شمال شهر کوه اشک با ارتفاع 2230 متر ، گسترده وار ، شکل گرفته و عامل مسدود کننده بين شهر با دشت کاشان است. در قسمت هاي شرقي نيز کوه هاي لارفات با ارتفاع 2370 متر شهر را محدود ساخته است. در بين اين مجموعه کوهستاني که همچون ديواري دور تا دور شهر را احاطه کرده است ، دره جنوبي – شمالي ، که محور اصلي شيب داخل شهر و مسير رودخانه را تشکيل  مي دهد، قرار دارد که از پاي کوههاي گرگش شروع شده ، با عبور از داخل شهر از طريق دره تنگ و متعددي به اين جريان اصلي منتهي مي شود. درنتيجه درابتداي تکوين، شهر بر پادگانه هاي آن جوانه زده ، در طي زمان رشد کرده است.
بافت شهر در همين سطح (1700-2000 ) و با ارتفاع متوسط 1900 متر، در طول زمان به شکل ستاره اي با تبعيت از اين توپوگرافي بر آبرفت هاي کم شيب ، درون دره ها تنيده در نهايت با برخورد به دامنه هاي پرشيب متوقف گرديده است. در مجموع در چنين فضايي به غير از مدخل ورودي شهر ، هر گونه ارتباط با فضاي خارج از شهر سلب شده است.
درباره آثار مثبت اين کوهستان ها بايد گفت : ناهمواري ها ، آب و هواي کوهستاني و ريزشهاي به نسبت زياد برف و باران ، از سويي تبخير و حرارت کمتر، اعتدال بي نظير آب و هوايي را براي قمصر به ارمغان آورده است ؛ به گونه اي که با تغذيه و تأمين آب هاي سطحي و زيرزميني کافي ، امکان حيات و فعاليت مطلوب را براي ساکنان خود فراهم ساخته و به طور تاريخي علت پي ريزي شهر قمصر است.